Apabila menurut Wajib Pajak jumlah rugi, jumlah pajak, pemotongan atau pemungutan pajak tidak sebagaimana mestinya, maka Wajib Pajak dapat mengajukan keberatan hanya kepada Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dengan mengajukan surat keberatan. Berdasarkan Pasal 25 ayat (1) UU KUP pengajuan keberatan dapat dilakukan atas:

• Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB):
• Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan (SKPKBT);
• Surat Ketetapan Pajak Nihil (SKPN);
• Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar (SKPLB); atau  
• Pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan.

Keberatan yang diajukan adalah mengenai materi atau isi dari ketetapan pajak yaitu jumlah rugi berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan, jumlah besarnya pajak, pemotongan atau pemungutan pajak. Alasan keberatan selain hal tersebut maka tidak dipertimbangkan dalam penyelesaian keberatan. Satu keberatan harus diajukan terhadap satu jenis pajak dan satu Masa Pajak atau Tahun Pajak.  

Tata Cara Mengajukan Keberatan

Berdasarkan Pasal 4 PMK Nomor 9/PMK.03/2013 stdd PMK Nomor 202/PMK.03/2019, adapun tata cara mengajukan keberatan yang harus disiapkan Wajib Pajak dalam sebagai berikut: 

1. Diajukan secara tertulis dalam Bahasa Indonesia;
2. Mengemukakan jumlah pajak yang terutang atau jumlah pajak yang dipotong atau dipungut atau jumlah rugi menurut perhitungan Wajib Pajak dengan disertai alasan-alasan yang menjadi dasar perhitungan. Yang dimaksud dengan "alasan yang menjadi dasar penghitungan" adalah alasan- alasan yang jelas dan dilampiri dengan fotokopi surat ketetapan pajak, bukti pemungutan, atau bukti pemotongan;
3. Satu keberatan diajukan hanya untuk satu surat ketetapan pajak, untuk satu pemotongan pajak, atau untuk satu pemungutan pajak;
4. Wajib Pajak telah melunasi pajak yang masih harus dibayar paling sedikit sejumlah yang telah disetujui Wajib Pajak dalam pembahasan akhir hasil pemeriksaan, sebelum Surat Keberatan disampaikan;
5. Diajukan dalam jangka waktu 3 bulan sejak tanggal.
   a.  Surat ketetapan pajak dikirim; atau
   b.    Pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga,
   Kecuali Wajib Pajak dapat menunjukan bahwa jangka waktu tersebut tidak dapat dipenuhi karena keadaan di luar kekuasaan Wajib Pajak. Apabila ternyata bahwa batas waktu 3 (tiga) bulan tersebut tidak dapat dipenuhi oleh Wajib Pajak karena keadaan di luar kekuasaan Wajib Pajak (force majeur), tenggang waktu selama 3 (tiga) bulan tersebut masih dapat dipertimbangkan untuk diperpanjang oleh Direktur Jenderal Pajak.
6. Surat keberatan ditandatangani oleh Wajib Pajak, dan dalam hal Surat Keberatan ditandatangani oleh bukan Wajib Pajak, Surat Keberatan tersebut harus dilampiri dengan surat kuasa khusus;
7. Wajib Pajak tidak mengajukan permohonan. 

djp-online , online-tax-book