Pengadilan Pajak adalah badan peradilan yang melaksanakan kekuasaan kehakiman bagi Wajib Pajak atau penanggung pajak yang mencari keadilan terhadap sengketa pajak. Pengadilan pajak berada di ibu kota negara yaitu DKI Jakarta. 

Pelaksanaan sidang pengadilan pajak dilakukan di tempat kedudukannya dan apabila dipandang perlu dapat dilakukan di tempat lain. Saat ini terdapat dua tempat persidangan di luar tempat kedudukan yakni di Yogyakarta dan Surabaya. Penentuan tempat sidang ditetapkan oleh ketua pengadilan pajak.

Berdasarkan Pasal 6 Undang-Undang Pengadilan Pajak, susunan pengadilan pajak terdiri dari pimpinan, hakim anggota, sekretaris, dan panitera. Pimpinan pengadilan pajak terdiri dari seorang Ketua dan paling banyak 5 (lima) orang Wakil Ketua. Ketua, Wakil Ketua, dan Hakim adalah pejabat negara yang melaksanakan tugas kekuasaan kehakiman di bidang sengketa pajak.

Adapun ketentuan pengangkatan hakim di pengadilan pajak diangkat oleh Presiden dari daftar nama calon yang diusulkan oleh Menteri setelah mendapat persetujuan Ketua Mahkamah Agung. Sedangkan, Ketua dan Wakil Ketua diangkat oleh Presiden dari para Hakim yang diusulkan Menteri setelah mendapat persetujuan Ketua Mahkamah Agung. Masa jabatan untuk ketiganya yaitu selama 5 (lima) tahun dan dapat diperpanjang untuk 1 (satu) kali masa jabatan.

Dalam menjalankan peranannya, pengadilan pajak dibina oleh dua badan pemerintah, yaitu Mahkamah Agung untuk pembinaan teknis dan Departemen Keuangan untuk pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan. Pembinaan tersebut tidak boleh mengurangi kebebasan hakim dalam memeriksa dan memutus sengketa pajak.

Namun berdasarkan Keputusan MK Nomor 26/PUU-XXI/2023, Mahkamah Konstitusi (MK) pada tanggal 25 Mei 2023 memutuskan bahwa pembinaan organisasi, administrasi, dan keuangan pengadilan pajak dari kementerian keuangan beralih ke Mahkamah Agung. pergeseran tersebut paling lambat dilaksanakan pada 31 Desember 2026.